Очень странная ситуация.
Слои в отдельных файлах - это наилучший вариант для совместной работы.

Осталось выяснить ответы на следующие вопросы:

1. В каких слоях вы вводите данные? Интересует тип слоя и тип фигур, эту информацию можно увидеть в свойствах слоя (тип отображается в заголовке окна, например, "Свойства шейп-слоя 'Ввода'").
2. Проект и файлы слоев хранятся локально на каждом компьютере или в общей папке в сети? Или, может быть, на компьютере кого-то одного из этих пользователей?
3. После того как вы отвечаете "Да" на запрос о сохранении проекта при выходе из программы, программа выдает какие-либо сообщения?
4. Исключен ли случай, что файлы проекта могут быть скопированы (переименованны или переписаны) вручную (т.е. не из ГИС, а, например, при помощи проводника или других программ)?

Я бы на Вашем месте попробовал также настроить систему резервного копирования, чтобы она регулярно сохраняла проект и слои. В системах Windows этого можно добиться с помощью встроенной программы ntbackup. Или, как вариант, вечером, после того, как Вы убедились, что Ваши изменения сохранены, можно скопировать файлы проекта и слоёв себе на компьютер, чтобы утром, после того, как вновь обнаружились недостающие данные,
была возможность сравнить сохранённые файлы и файлы в сети.